ภายหลังจากช่วงของการเปิดตัวเครื่อง Galaxy Note 5 ออกมาไม่นานนัก ก็มีการค้นพบว่าวิธีการออกแบบของช่องเก็บ S Pen นั้นอาจจะทำให้เกิดความเสียหายกับตัวเครื่องได้อย่างที่คาดไม่ถึง ถ้าหากหันหัวใส่ปากกาไม่ถูกตามด้านที่ทาง Samsung ได้ออกแบบเอาไว้ จนกลายเป็นกระแสถกเถียงกันอยู่ช่วงหนึ่ง และก็ดูเหมือนว่าทางผู้ผลิตเกาหลีใต้นั้นต้องการลดความเสี่ยงจากโอกาสเกิดความเสียหายในลักษณะดังกล่าวลงให้ได้มากที่สุด
จึงทำให้มีการออกฉลากระบุคำเตือนอย่างชัดเจนว่าจำเป็นที่จะต้องหันปลายปากกาของ S Pen เข้าช่องเก็บให้ถูกด้าน มิเช่นนั้นแล้วการใส่ผิดด้านจะทำให้เกิดการติดค้างภายในเครื่องและก่อเกิดความเสียหายขึ้นภายในตามมาได้ทั้งตัวปากกาและชิ้นส่วนภายในโทรศัพท์ ซึ่งป้ายฉลากดังกล่่าวนี้จะติดอยู่บริเวณด้านหน้ากล่องที่แกะเปิดใหม่เป็นครั้งแรก ซึ่งได้เริ่มนำมาใช้งานแล้วกับการจัดจำหน่าย Galaxy Note 5 ในประเทศสหรัฐอเมริกาบนเครือข่าย T-Mobile
